Strukturę organizacyjną Regionalnego Centrum tworzą:
- Terenowy Oddział w Jastrzębiu-Zdroju;
- Terenowy Oddział w Rybniku;
- Terenowy Oddział w Wodzisławiu Śląskim;
- Dział Administracyjno-Kadrowy;
- Dział Czynników Zakaźnych Przenoszonych Przez Krew;
- Dział Dawców i Pobierania;
- Dział Laboratoryjny;
- Dział Ekspedycji;
- Dział Finansowo-Księgowy;
- Dział Immunologii Transfuzjologicznej Krwinki Czerwonej;
- Dział Metodyczno-Organizacyjny i Sprawozdawczości;
- Dział Preparatyki;
- Dział Techniczno-Gospodarczy;
- Dział Zapewnienia Jakości;
- Samodzielne Stanowisko Pracy Informatyka;
- Samodzielne Stanowisko Pracy Inspektora do Spraw Obronnych;
- Samodzielne Stanowisko Pracy - Osoba Wykwalifikowana;
- Samodzielne Stanowisko Pracy Pełnomocnika do Spraw Ochrony Informacji Niejawnych;
- Sekretariat